Các nhà khoa học từ lâu đã tranh luận và nghiên cứu về giả thuyết này. Theo họ, con mắt thứ ba rất có thể là cơ quan giúp một số người có được những khả năng hết sức đặc biệt như tiên tri hay thần giao cách cảm…, và bất cứ ai trong chúng ta cũng có con mắt đó, vấn đề là ta có biết “mở” nó ra hay không.
Khả năng đọc được chữ hay phim ảnh trong một phong bì dán kín, ngăn ánh sáng, được đặt trên trán của nhiều nhà ngoại cảm không phải là quá xa lạ với chúng ta. Khoa học hiện vẫn chưa thể giải thích thấu đáo về hiện tượng này. Còn truyền thuyết cổ xưa của phương Đông lại khẳng định, có những trung tâm năng lượng đặc biệt có khả năng đọc và phát ra các dạng ý nghĩ được gọi là “con mắt thứ ba”.
Việc sùng bái loại mắt này có nguồn gốc từ rất xa xưa. Trong nhiều tín ngưỡng phương Đông, cơ quan đặc biệt này gần như được coi là tài sản riêng của các vị thần. Nó cho phép họ theo dõi lịch sử của toàn bộ thế giới, nhìn thấy tương lai, quan sát bất cứ ngóc ngách nào trong vũ trụ bao la. Có thể thường xuyên bắt gặp con mắt thứ ba được gắn trên trán các vị thần trên các hình vẽ hay pho tượng tại những đền chùa đạo Phật. Một số nhà nghiên cứu còn cho rằng, đây chính là ký ức về những “tổ tiên có nguồn gốc ngoài trái đất” của nhân loại. Theo những truyền thuyết còn tồn tại đến ngày nay, con mắt đó giúp họ có những khả năng hết sức đặc biệt – thôi miên và tiên tri, thần giao cách cảm và tác động từ xa, khả năng thu nhận kiến thức trực tiếp từ trí tuệ của vũ trụ, biết được quá khứ và tương lai…
Những người luyện yoga trên thực tế đã khai phá được các khả năng tâm lý khác thường. Nhiều người từng tận mắt chứng kiến kỳ công của họ đã nhận xét: “Chính xác tương tự như các tia sáng xuyên qua kính hay tia X đi qua các vật không trong suốt, nhà yoga có thể nhìn thấy các đồ vật đằng sau bức tường dày, biết nội dung bức thư trong phong bì dán kín hay phát hiện kho báu dưới đất nhờ sự giúp đỡ của con mắt tinh thần bên trong của mình”.
Phạm vi ảnh hưởng của “con mắt thứ ba” còn vượt ra ngoài không gian 3 chiều quen thuộc đối với chúng ta. Các nhà yoga có thể quan sát được các sự kiện diễn ra trên những khoảng cách lớn, và ở bất cứ thời gian nào: quá khứ, hiện tại hay tương lai. Tại Ấn Độ, những người có khả năng kỳ diệu như vậy được gọi là Trikalazna (người biết ba thời gian). Tuy nhiên, không phải nhà yoga nào cũng có được những khả năng đặc biệt trên – tất cả phụ thuộc vào sự phát triển của “con mắt thứ ba”. Theo truyền thống của yoga, người ta chia những khả năng này thành 4 mức độ.
Mức thấp nhất cho phép nhìn thấy những vòng hào quang (hay còn gọi là tinh hoa) phát tiết ra từ đồ vật hay con người. “Hào quang” này thường thay đổi về hình dạng và màu sắc tùy theo mức độ sức khỏe và trạng thái tâm lý của người đó. Chính nhờ khả năng này, một vài nhà yoga có khả năng dự đoán được một số bệnh tật của con người.
Ở mức độ tiếp theo, con người có thể quan sát các đồ vật và sự kiện tương tự như trong một “bản vẽ thu nhỏ” – ví dụ như nhìn thấy từ bên trong cơ thể hay từ độ cao của các loài chim đang bay. Những bức tranh được quan sát thấy thường liên quan đến hiện tại, hay một quá khứ mới xảy ra không lâu. Tại mức độ này, đôi khi người ta còn nhìn thấy những dạng ý nghĩ cực kỳ mạnh mẽ (ví như liên quan đến tôn giáo tín ngưỡng) – kết quả của quá trình tập trung cao độ của con người. Những giai đoạn đầu, khả năng nhìn thấu này vẫn chưa rõ ràng và bền vững. Nhưng với bước phát triển tiếp theo của con mắt thứ ba, độ sáng và rõ nét của các bức tranh sẽ ngày càng tăng lên. Đến một thời điểm nào đó của mức độ thứ ba, những hình ảnh được quan sát bằng “con mắt thứ ba” sẽ có chất lượng không kém những gì chúng ta nhìn thấy bằng mắt thường. Dù cho thời gian hiển thị của chúng rất ngắn, thậm chí thường chỉ trong khoảnh khắc, ta vẫn có thể nhìn thấy rõ ràng và tỉ mỉ từng chi tiết.
Các chuyên gia khẳng định, bất cứ người nào cũng có thể đạt được ba mức độ nói trên bằng cách luyện tập. Thậm chí đối với những người mù, khả năng phát triển “con mắt thứ ba” thường nhanh chóng và thành công hơn. Còn mức độ thứ tư – mức độ tinh thông – thì rất ít người có thể làm được. Để đạt tới ngưỡng này, con người cần phải cống hiến toàn bộ cho sự nghiệp hoàn thiện về tinh thần. Khi đã dạt đến mức độ tuyệt đỉnh của giai đoạn thứ tư, con người sẽ trở thành một môn đồ “không cần học ai và không cần học cái gì nữa”. Điều này không phải do anh ta đã biết tất cả, mà là anh ta sẽ không cần phải vùi đầu vào hàng trăm cuốn sách, nghe giảng suốt ngày, chúi đầu vào kính hiển vi hay kính viễn vọng… Khả năng thị giác bằng tinh thần sẽ cho phép con người biết và nhìn thấy tất cả những gì anh ta mong muốn – không phụ thuộc vào thời gian hay không gian.
Vào thập niên 80, các nhà khoa học Anh và Đức đã đưa ra giả thuyết về sự tồn tại của những người có con mắt thứ ba, tương tự như ở bò sát nguyên thủy. Tuy nhiên ở người, con mắt này dần dần chui sâu vào bên trong lớp xương sọ và có thể đã thu nhỏ lại, trở thành tuyến quả thông (epiphisis), nằm trước tiểu não.
Các ý kiến nhận định về vấn đề này khá khác biệt. Một luận điểm cho rằng những động vật có con mắt thứ ba cũng không phải là hiếm, thường xuyên gặp hơn cả là những loài bò sát, đặc biệt là rắn và thằn lằn. Chúng có một con mắt thóp đặc biệt, nằm ngay dưới một lỗ nhỏ trên phần xương sọ. Ở loài bò sát, lỗ này được phủ một lớp da mỏng bán trong suốt khiến các nhà khoa học nhận định nó không chỉ làm việc trong dải ánh sáng nhìn thấy. Dự đoán trên đã được khẳng định, sau khi người ta phát hiện cơ quan này đặc biệt nhạy cảm với dải sóng milimét cũng như đối với từ trường. Họ còn đặt giả thuyết, nó có thể thu nhận được các loại sóng siêu âm và hạ âm. Chính nhờ đó, loài bò sát thường có khả năng cảm nhận trước những thảm họa thiên nhiên như động đất, núi lửa phun trào hay thậm chí cả bão từ.
Còn đối với một số người, chúng ta cũng có bằng chứng khá thuyết phục về “con mắt thứ ba”: Cơ quan kỳ lạ này đôi khi nằm trên thóp hay gáy của một số người vẫn đang sống bên cạnh chúng ta. Đó là trường hợp của Emi Hanson, một cô giáo 25 tuổi tại thành phố Columbus (Mỹ). Emi quả thật có tới 3 con mắt, trong khi mắt thứ ba nằm sau gáy lại nhìn rõ hơn hai con mắt thường vốn bị cận của cô. Ưu điểm của con mắt này khá rõ ràng, Emi có thể xem truyền hình bằng gáy hay quan sát được đằng sau xe hơi của mình mà không cần kính chiếu hậu.
Những huyền thoại của Ấn Độ về “con mắt thứ ba” – con mắt của sự tưởng tượng và mơ ước đã thuyết phục được các nhà khoa học Anh và Đức. Vào thập niên 80, họ đưa ra giả thuyết về sự tồn tại của những người có con mắt thứ ba, tương tự như ở các loài bò sát nguyên thủy. Tuy nhiên ở con người, con mắt này dần dần chui sâu vào bên trong lớp xương sọ. Theo xu hướng này, hiện có nhiều ý kiến cho rằng cơ quan bí ẩn trên không có gì khác mà chính là tuyến quả thông (epiphisis) – một bộ phận chỉ nhỏ cỡ hạt đậu, có dạng hình quả lê và màu đỏ nâu, nằm ngay phía trước tiểu não.
Những nghiên cứu khoa học gần đây cũng nói nhiều về cơ quan thần bí này. Người ta phát hiện trong epiphisis có chứa các thành phần gọi là “cát não” (acervulus cerebralis) – những mẩu khoáng chất hình cầu có kích thước khoảng 0,5 mm. Cho dù chúng có ở mọi người ngay từ lúc sinh ra, nhưng các nhà khoa học vẫn chưa biết nó có tác dụng gì. Xung quanh đó có khá nhiều giả thuyết. Phân tích bằng tia X ghi nhận trong những “hạt cát” có những cấu trúc dạng tinh thể silic. Dường như những vi tinh thể này là nơi chứa đựng thông tin dạng ba chiều về toàn bộ cơ thể con người.
Trong khi tìm hiểu tác dụng của epiphisis, một số người đã chú ý tới một chuyển động kỳ lạ của cơ quan này. Nó có khả năng tự xoay tương tự như mắt người. Người ta còn bàn về những điểm giống nhau giữa epiphisis với nhãn cầu mắt do nó cũng có thấu kính và các thành phần thụ cảm màu sắc. Một điểm chú ý nữa là hoạt động của tuyến quả thông được thúc đẩy đáng kể bởi tín hiệu sáng đến từ mắt. Cũng có ý kiến nhận định, do kết quả của quá trình hàng nghìn năm không hoạt động, epiphisis đã thu nhỏ kích thước đáng kể (trong quá khứ, nó lớn cỡ viên bi của trẻ em).
Hiện vẫn chưa thể khẳng định chắc chắn epiphisis có phải là con mắt thứ ba từng có thời nằm trên não, hay là một cơ quan độc lập nào đó có những khả năng đặc biệt. Tuy nhiên, người ta vẫn có được một bằng chứng, dù là gián tiếp, cho thấy epiphsis có liên quan đến thị giác và những khả năng thông tin đặc biệt của con người. Các nhà khoa học còn nhận thấy một quy luật khá thú vị: Ở những người thường xuyên rèn luyện về tinh thần và có được những khả năng thông tin – tâm lý đặc biệt, phần xương trên chóp lại mỏng đi đến mức chỉ còn như một lớp da – tương tự như con mắt của rắn.